В 1960-е годы в Нидерландах живёт девятилетний Томас, мальчик, который видит чудесное в обыденном. Он растёт в атмосфере строгого религиозного благочестия и страха, поскольку его отец, знающий Библию наизусть, часто проявляет жестокость. Протестуя против несправедливости и мечтая о свободе, Томас начинает вести свою собственную книгу всех вещей. На её страницах сбываются его желания, в том числе и о возмездии для отца, а также появляются удивительные существа: сам Иисус Христос, летающая женщина с котом-пианистом, тропические рыбки в городских каналах и юная ведьма-соседка.