Четырнадцатилетний Синдзи Икари, сын главы организации NERV, становится пилотом боевого робота «Евангелион». Замкнутый подросток тяжело переживает холодность отца, Гэндо Икари, но он не одинок в своих душевных терзаниях. Схожие внутренние конфликты и чувство одиночества преследуют и других юных операторов «Ев», и даже взрослых сотрудников секретного проекта, от которых руководство скрывает истинные, пугающие цели всей миссии.