Дэн, Маручо и Шун оказываются втянуты в межпланетный конфликт между Ниатией и агрессивной Гандэлией. Захватчики используют в своей войне как могущественных Бакуганов, так и людей, стремясь покорить соседнюю планету. Чтобы дать отпор врагу, героям предстоит объединиться с новыми союзниками: принцессой Ниатии Фабией, старым другом Дэна Джейком и даже гандэлианцем Рэном. Вместе они бросают вызов воинам Гандэлии и таинственным Двенадцати приказам, пытаясь спасти Ниатию от уничтожения и защитить от угрозы родную Землю.