События второго сезона разворачиваются сразу после финала первого: Микадзэ и её команда возвращаются из космоса на базу «Стратос 4» (бывший «Стратос 0» с новым опознавательным знаком). Перед стажёрами стоит непростой выбор будущего пути. Визит элитных «Космических Перехватчиков» на базу приносит новости о командующей Седьмой орбитальной станцией, которой оказывается Матира — возлюбленная инструктора Сако. Кульминацией становится операция по защите базы Симидзима от обломков падающей станции, после которой героини получают от легендарных «Комет Бластеров» рекомендации для поступления в земные войска перехватчиков.