Четыре тысячи лет назад человечество покинуло свою колыбель — планету Земля. Теперь его существованию угрожают враждебные сущности, известные как Gnosis. В ответ на эту угрозу инженер Шион Удзуки разрабатывает специализированного андроида KOS-MOS, обладающего невероятными способностями. Однако когда их корабль атакуют и разрушают Gnosis, Шион и её товарищи оказываются в самом эпицентре битвы за будущее человечества.