В 2039 году из-за глобального потепления океаны поглотили обширные территории суши, а в морях появился загадочный «Флот Тумана» — корабли, атаковавшие человечество. Люди потерпели сокрушительное поражение, их экономика рухнула, а торговые пути были заблокированы. Спустя семь лет перед кадетом Гундзо Тихаей возникает подводная лодка I-401 из этого самого флота. Однако её разумный экипаж, воплощённый в человеческом облике, предлагает людям свои услуги вместо войны. Этот фильм суммирует события сериала, добавляя около 40 минут нового материала.