Спустя год после битвы с Механическим Годзиллой Японию ждёт новое испытание. Легендарная Мотра, извечный противник Годзиллы, выдвигает ультиматум: человечество должно вернуть океану всё, что осталось от первого чудовища — вплоть до молекул ДНК. Только так можно надеяться на мир. Но Годзилла не собирается отступать и вновь выходит из морских глубин, готовый к новой схватке. Ему предстоит столкнуться не только с гигантской бабочкой Мотрой, но и с обновлённым механическим двойником — Меха-Годзиллой. Судьба Токио вновь висит на волоске.