Победив своего главного врага Шредера, братья-ниндзя утратили былую сплочённость. Их наставник Сплинтер не только стремится вновь объединить семью, но и обеспокоен странными событиями в Нью-Йорке. Техномагнат Максимилиан Уинтерс собирает армию из древних чудовищ, и остановить её может только команда черепашек — Леонардо, Донателло, Рафаэль и Микеланджело. Вместе со старыми друзьями, Эйприл О’Нил и Кейси Джонсом, героям предстоит снова вступить в схватку с таинственным кланом Фут, чьи бойцы теперь служат интересам Уинтерса.