Прошло два года после войны между Земным Альянсом и координированными людьми с PLANT, но хрупкий мир устраивает не всех. Группа радикальных координаторов приводит в движение обломки колонии «Юниус Семь» и направляет их на Землю, что грозит глобальной катастрофой. Силам ZAFT с трудом удаётся уничтожить падающий объект, однако уцелевшие обломки наносят планете колоссальный ущерб. Эта трагедия становится искрой, которая разжигает новую волну ненависти «натуралов» к координированным людям, а радикальная организация «Синий Космос» бросает все силы на то, чтобы конфликт вспыхнул с новой силой.