События происходят в Академгородке, уникальном городе-кампусе, где большинство населения составляют студенты. В центре сюжета — Мисака Микото, одна из сильнейших экстрасенсов пятого уровня. За своё виртуозное владение электромагнетизмом и способность разгонять монетки до скорости рельсотрона она получила грозное прозвище «Рейлган». Ей предстоит столкнуться с вызовами этого насыщенного наукой и сверхспособностями мира.