После гибели матери во время пожара в Токио мальчик Махито переезжает с отцом в родовое поместье в деревне. Отец, работающий на оборонном заводе, редко бывает дома, и жизнь подростка наполнена тоской и одиночеством в обществе беременной мачехи и пожилой прислуги. Его покой постоянно нарушает навязчивая серая цапля, которая однажды заявляет, что может привести его к матери, и заманивает в старую башню, окутанную множеством местных тайн и легенд.