Маленькая золотая рыбка Поньо, дочь могущественного волшебника и морской богини, живёт в океанских глубинах. Однажды её любопытство приводит к побегу из родного дома, чтобы увидеть мир людей. Судьба забрасывает её на берег, где девочку-рыбку находит пятилетний мальчик по имени Сосукэ. Между детьми мгновенно возникает крепкая дружба, и теперь Поньо мечтает о невозможном — навсегда остаться с новым другом, превратившись в настоящего человека.