К 1999 году всех гигантских монстров Земли, включая Годзиллу, удалось изолировать на отдалённом японском острове для научных исследований. Но планы человечества рушатся, когда коварные инопланетяне захватывают контроль над чудовищами, освобождают их и снова нацеливают на уничтожение городов. Единственный шанс остановить апокалипсис — это спецоперация отважных астронавтов, которые должны найти и уничтожить секретную базу пришельцев, пока подчинённые им кайдзю не опустошили планету.