В 1990-е годы Японию посещают посланцы из далёкого будущего с тревожным предупреждением: если Годзиллу не остановить сейчас, он станет виновником глобальной ядерной катастрофы. Чтобы предотвратить это, они предлагают отправиться в прошлое и уничтожить чудовище ещё до того, как оно мутирует в неуязвимого ящера. Но планам людей из будущего мешает появление новой колоссальной угрозы — легендарного трёхголового дракона Кинг Гидоры.