Спустя годы молчания Годзилла вновь выходит из морских глубин у берегов Японии, уничтожив рыболовное судно. Чтобы не сеять панику, власти изолируют единственного выжившего свидетеля, однако скрывать правду становится невозможно и крайне рискованно после новой атаки чудовища — на этот раз его жертвой оказывается советская атомная подлодка.