В последние годы правления сёгуната Токугава, чтобы пополнить казну, правительство рассылает по округам тайных шпионов-ниндзя, «теней», для выявления скрытых доходов феодалов. Тех, кого уличают в сокрытии, объявляют предателями, а их земли забирают в казну. Но есть и те, чьи судьбы были разрушены этой системой, — они становятся «охотниками за тенями». Интрига разворачивается вокруг горного клана, подозреваемого в тайной добыче золота. Права клана на землю подтверждает древняя грамота, которую необходимо доставить в Эдо. «Тени» получают приказ перехватить и уничтожить документ, а охотники берутся защищать курьеров. Миссия осложняется тем, что в самом клане действует законспирированный агент сёгуната.